华佗被杀的原因主要可以归纳为以下几点：

开颅手术的疑虑：

华佗建议进行开颅手术以治疗曹操的头痛病，但曹操认为这可能是华佗的阴谋，担心华佗会趁机加害于他，因此决定杀死华佗。

华佗的不臣之心：

华佗在行医过程中，接触到了许多权贵，他的心态逐渐失衡，希望通过行医来谋取官职。曹操认为华佗心怀不轨，欲除之而后快。

华佗的傲慢态度：

华佗在治疗过程中表现出极大的架子和不拘小节，对曹操的病症治疗并不尽心尽力，这使得曹操对他的期望和尊重逐渐转变为不满和愤怒。

华佗的欺骗行为：

华佗以妻子生病为借口离开曹操的军队，实际上是在故意玩弄权谋，试图彰显自己的重要性，达到迎合他个人志向的目的。曹操发现华佗的欺骗行为后，更加愤怒，最终决定将其处死。

曹操的多疑性格：

曹操本身就是一个多疑的人，他认为华佗的医术过高，可能会成为自己的劲敌，因此找借口将华佗下狱，并在狱中严刑拷打，最终将其处死。

综合以上几点，可以看出曹操杀华佗的原因是多方面的，既有对华佗个人行为的不满，也有对自己安全的担忧。