《大鱼海棠》的故事主要改编自《庄子·逍遥游》，并且融合了《山海经》《搜神记》等上古神话元素，以及“女娲补天”等传统故事。影片构建了一个以福建土楼为原型的奇幻海底世界，讲述了掌管海棠花生长的少女椿为报恩而努力复活人类男孩“鲲”的灵魂，并在本是天神的少年“湫”的帮助下与彼此纠缠的命运斗争的故事。

具体来说：

椿：椿是掌管海棠花生长的少女，她的形象和故事灵感来源于《庄子·逍遥游》中的“上古有大椿者，以八千岁为春，八千岁为秋”。

湫：湫是椿的青梅竹马，他深爱着椿，愿意为她做任何事，性格开朗、仗义。

鲲：鲲原本是一个善良的人类男孩，因救椿而死，灵魂变成了一条鱼，后在椿的帮助下逐渐成长为巨大的鲲。

灵婆：灵婆是掌管所有死去人类灵魂的老太婆，鱼头人身，神秘莫测，经常在私下做很多“非法”的交易。

这些角色和情节的设定都深受中国传统文化和神话的影响，使得《大鱼海棠》不仅是一部视觉盛宴，也蕴含了丰富的哲学思考和情感表达。