是的，百岁山矿泉水的广告确实是在爱丁堡取景的。具体来说，有多个来源提到该广告在爱丁堡拍摄，包括：

1. 2019年1月22日的资料提到，除了周杰伦的MV，还有《One Day》《Trainspotting》《Cloud Atlas》等作品都在爱丁堡取景，同时指出百岁山的广告也是在爱丁堡拍摄的。

2. 2024年12月4日的资料中，有人提到看到百岁山的广告就会想起爱丁堡的城门，并且提到广告中出现的场景和情感。

3. 2021年1月23日和2024年9月30日的资料也提到百岁山的广告是在爱丁堡拍摄的。

综合以上信息，可以确认百岁山矿泉水的广告是在爱丁堡取景的。