《阿甘正传》中珍妮的死因是艾滋病。尽管影片中并未明确提及艾滋病的名称，但根据珍妮的生活经历、吸毒和滥交的历史，以及她在影片后期对阿甘透露自己患有一种未知病毒，可以推测出她死于艾滋病。此外，影片中提到的1982年珍妮去世的时间点，也与美国艾滋病病例开始被广泛认知的时间相吻合。

珍妮的故事不仅仅是一个人的悲剧，更是那个时代美国社会问题的缩影。她的堕落、痛苦和最终离世，反映了艾滋病患者所面临的歧视、排斥和痛苦。阿甘的善良和纯真则与珍妮的形象形成鲜明对比，更加凸显了影片所要传达的深刻主题。