《终极笔记》的结局中， 吴邪、小哥和霍老太太拿着错误的第三道密码进入了张家古楼，之后便与外界失去了联系，下落不明。黑瞎子为了掩护大家，与黑毛怪同归于尽，但其生死也未在结局中明确交代。吴邪在剧情中假扮成三叔，以三叔的身份活着，和小花一起去巴乃救小哥，但最终小哥和霍老太太的去向仍然没有交代。此外，霍秀秀虽然挣脱了绳索并拿到了第三张照片，但最终还是被迷晕送走，口袋中只有一封霍老太让她守好霍家的信。剧情中并未明确解释“它”的含义，但暗示了与剧情发展有重要关联。

总体来说，《终极笔记》的结局留下了许多遗憾，许多角色的命运和故事的发展都没有得到圆满的解决，给观众留下了许多未解之谜和想象空间。