阿甘正传》中阿甘的妻子珍妮最终患上了艾滋病。尽管剧中并未明确交代她是如何感染艾滋病的，但根据剧情线索和背景，可以推测她是在外放荡期间感染上了艾滋病病毒。

具体情节如下：

1. 珍妮在单身父亲暴虐的阴影下长大，自甘堕落，甚至与毒品有接触。

2. 阿甘再次遇到珍妮时，她提到自己“染上了一种病毒，医生也不知道是什么”。

3. 珍妮和阿甘结婚后不久，珍妮便病逝，墓碑上写着1982年3月22日。

结合以上信息，可以确定珍妮是因艾滋病去世的。