司马懿对诸葛亮琴曲的评价是非常高的。他形容诸葛亮的琴声如“ 惊涛拍岸，风卷残云，指端似有雄兵百万”，并且认为这琴声“ 似山涧小溪，清澈见底”，非心旷神怡者不能为之。司马懿认为听诸葛亮弹琴就像观其肺腑一样，能够感受到诸葛亮的胸有成竹和内心的冷静。

具体来说，司马懿认为诸葛亮的琴声能够反映出他的心态和情绪：

心乱则音噪，心静则音纯：如果诸葛亮内心慌乱，琴声就会显得嘈杂；如果内心平静，琴声就会显得纯净。

心慌则音误，心泰则音清：如果诸葛亮内心慌乱，琴声就会出错；如果内心安详，琴声就会清晰。

司马懿通过琴声感受到了诸葛亮的自信和冷静，以及他可能设下的计谋。因此，他判断诸葛亮城中必有埋伏，并且琴声中还含有杀机，最终选择退兵，避免了中计。

综上所述，司马懿对诸葛亮琴曲的评价不仅是对其技艺的赞赏，更是对其智慧和心理素质的深刻理解和尊重。