毕业论文系主任意见是对学生毕业论文的全面评价，通常包括以下几个方面：

论文整体质量评价

评价论文的整体质量、研究的深度、广度以及创新性。

可以表示对论文质量的认可和肯定，同时也可以提出改进的建议。

研究方法评价

评价研究方法的科学性、准确性和可行性。

探讨该论文是否运用了适当的研究方法，并对其进行评价和建议。

实证研究结果评价

评价实证研究结果的有效性和可靠性。

对论文中的实证方法和数据处理进行评价，指出其优点和不足之处，并提供改进意见。

论文结构和写作评价

评价论文结构的合理性和写作的流畅性。

分析论文的逻辑结构是否清晰，写作是否详尽，是否符合学术规范，并提出相关的修改和改进建议。

进一步研究和深化的建议

根据论文研究的不足之处，提供针对性的建议和方向。

指出可以进一步完善的方面，为学生未来的研究提供指导。

在撰写系主任意见时，建议保持客观、公正的态度，具体明确地指出论文的优缺点，并提供建设性的改进建议。这样不仅能够帮助学生完善论文，还能为其学术发展提供有价值的指导。