汤姆索亚和贝琪在山洞中迷路后，最终是通过以下方式找到出路的：

找到水源：

汤姆在山洞里找到了一处水源，这个水源成为了他们生存的关键。

利用风筝线：

汤姆将风筝线缠绕在水源附近的岩石上，这样如果他们再次迷路，可以通过拉风筝线找到这个水源，从而回到这个位置。

发现隐秘出口：

在山洞中摸索的过程中，汤姆和贝琪终于找到了山的背面的一处隐秘的出口，并成功爬出山洞。

通过这些方法，汤姆和贝琪最终成功脱险，并找到了山洞中的宝藏。