蔡元培的教育思想主要体现在以下几个方面：

“五育”并举的教育方针

蔡元培提出了军国民教育、实利主义教育、公民道德教育、世界观教育和美感教育。这些教育方针旨在培养学生的全面能力，不仅注重学术知识，也强调体育、道德、世界观和审美的培养。

教育独立思想

蔡元培强调教育应独立于政治和宗教之外，保持其自主性和纯洁性。他主张教育经费独立、教育学术和内容独立、教育行政独立，以保障教育的公正性和有效性。

尚自然，展个性

蔡元培提出“教育者，与其守成法，毋宁尚自然；与其求划一，毋宁展个性”。他强调教育应尊重学生的个性和自然发展，反对强制和僵化的教育方式。

德、智、体、美全面发展的系统教育思想

蔡元培最早提出德、智、体、美全面发展的系统的教育思想，是近代教育思想的奠基人和新式教育体制的开创者。

学术自由，科学民主

蔡元培提倡学术自由，科学民主，主张学与术分校，文与理通科。他将“学年制”改为“学分制”，实行“选科制”，积极改进教学方法，精简课程，力主自学，校内实行学生自治，教授治校。

以美育代替宗教

蔡元培认为美感教育可以陶冶、净化人的心灵，提出以美育代替宗教的口号，这是中国近代历史上第一次明确将美育列入教育方针。

世界观教育

蔡元培认为世界观教育是培养人超乎现世之观念的，只有站在超于现象世界之高度，才能判定现象世界的价值，也才能处理现象世界的问题。

公民道德教育

蔡元培认为公民道德教育是核心，实施军国民教育和实利主义教育固然可以富国强兵，但必须以道德为根本，否则，兵强则可能为私斗、为侵略，国富可能以知欺愚、以强凌弱。

这些教育思想不仅在当时具有前瞻性，而且对后世的教育改革和发展产生了深远的影响。