半藏杀害源氏的原因主要是 家族内斗和权力争夺。岛田家族中的长老想让半藏的弟弟源氏成为下一任家长，但源氏一心只有游戏和忍术，对家族事业不感兴趣。在父亲去世后，家族内的各大长老对两兄弟挑拨离间，导致半藏认为源氏在不务正业。此外，半藏可能也出于对权力的渴望和对源氏的不满，最终在一次吵架中错手杀了源氏。

具体来说，半藏在继承家业后，可能意识到了自己的过错，但由于已经杀害了源氏，他无法原谅自己，最终选择离开家族，成为了一名雇佣兵，并对岛田家进行了报复行为。此外，也有说法称半藏是因为误解而杀害了源氏，误以为自己杀死了源氏后，他从此不再用刀改用弓箭。

综合来看，半藏杀害源氏的原因是多方面的，包括家族内斗、权力争夺、个人误解和悔恨等。