本杰明·富兰克林和他的儿子威廉·富兰克林之间的关系恶化，存在多种原因：

严厉的教育方式：

本杰明·富兰克林是一位严厉而又满怀报复心的家长，这种教育方式可能导致了父子之间的紧张关系。

健康问题：

有研究理论认为，本杰明·富兰克林的长期缺席可能归功于他的妻子黛博拉·里德，而不是他本人。此外，关于儿子是否接种疫苗的争论也可能加剧了父子之间的紧张关系。

代沟和意识形态差异：

历史上不同意识形态造成的代沟情况，在本杰明·富兰克林和他的儿子之间表现得尤为深刻，这种差异可能导致了他们之间的不合。

综上所述，本杰明·富兰克林和他的儿子威廉·富兰克林之间的不合可能是由多种因素共同作用的结果，包括严厉的教育方式、健康问题以及代沟和意识形态差异。