《汤姆·索亚历险记》的故事情节大致可以分为四个部分：

墓地试胆，目睹凶杀：

汤姆和他的朋友哈克在墓地玩耍时，无意中目睹了一起凶杀案。他们看到了鲁滨逊医生被印第安·乔杀害，并且凶手嫁祸给了莫夫·波特。这个事件对汤姆和哈克产生了深远的影响，他们发誓不泄露这个秘密。

荒岛冒险，扮演海盗：

由于害怕被凶手发现，汤姆和哈克决定一起逃到一个荒岛上，假装自己是海盗。他们的“失踪”让整个小镇陷入悲痛之中，而他们却在一个葬礼上突然出现，令所有人惊讶。

鬼屋寻宝，与杀人犯擦肩而过：

汤姆和哈克在寻找宝藏的过程中，发现了一个藏有巨额财宝的山洞。然而，他们也遇到了印第安·乔，这个凶手最终在山洞里饿死。

与贝琪山洞迷路：

汤姆和贝基在一次野餐活动中迷路，被困在一个山洞里。他们面临着饥饿和死亡的威胁，但最终被村民救出。汤姆在山洞里再次遇到印第安·乔，并告诉村民凶手的位置，帮助警方找到了他。

这些故事情节展现了汤姆·索亚的聪明才智、勇敢和冒险精神，同时也揭示了19世纪美国南部的社会风貌和人际关系。