农村信用社总行是指 国家信用总社。实际上，农村信用社的层级结构如下：

1. 乡镇信用社的上级是县农村信用联社。

2. 县农村信用联社的上级是省农村信用社。

3. 省农村信用社的上级应归国家人民银行管理。

因此，农村信用社虽然隶属于地方政府管理，但其最高层级应为国家信用总社。需要注意的是，农村信用社现在逐步改为农商银行，但总行的概念仍然是国家信用总社。