《与朱元思书》的总领全文的句子是 奇山异水，天下独绝。这句话的意思是：奇峭的山和奇异的水，是天下独一无二的美景。该句总述了自富阳至桐庐水上之游的总体印象，二、三两段分承“异水”和“奇山”两方面，环绕“独绝”二字展开生发和描摹，结构上纲举目张，脉络分明。

文章的主旨在于通过对富春江奇山异水的描绘，表现了作者喜爱自然，对社会的不满情绪，并抒发了作者鄙视功名利禄，热爱大自然的志趣。