根据现有数据，山东省自然村数量存在不同统计口径的差异，具体如下：

1990年统计数据

山东全省共有自然村约10.7387万个。

近年统计口径差异

行政村数量：

截至2020年6月，山东省共有行政村7.4万个，自然村约9万个。

中国传统村落数量：截至2023年5月，山东共有168个村落列入中国传统村落保护名录，占比较小。

近年新增村落情况

第六批中国传统村落名录中，山东新增43个村落。

说明

以姓氏命名的村落占比较高（约60%以上），且移民村多以姓氏命名；

不同统计机构（如民政部门、文化和旅游部门）的口径差异较大，建议结合具体研究需求选择数据来源。若需更精准的当前数据，可参考山东省民政厅或文化和旅游部门的最新公告。