杨过在《神雕侠侣》中养过的三只宠物分别是：

神雕：

这只神雕原本属于独孤求败，在独孤求败的剑冢陪伴了独孤求败多年。由于经常见独孤求败练武，因此就学会了武功。在杨过等小龙女的十几年里，都是这只神雕在陪着杨过，因此杨过就有了神雕侠的称号。

毒蛇：

这是杨过最先出场的一只神奇宠物。

猎狗：

在《神雕侠侣》中，杨过的第二只神奇宠物是一匹极为聪慧的猎狗。这只猎狗最初是一只流浪狗，在杨过的悉心照料之下恢复了往日神采，并且被证实是一只经过训练的蒙古战犬。

综上所述，杨过在《神雕侠侣》中养过的宠物至少包括神雕、毒蛇和猎狗这三只。