明朝的特务机构数量至少包括以下四个：

锦衣卫：

成立于明太祖洪武十五年（1382年），是明朝的第一个特务机构，负责皇帝出行时的仪仗与警卫，同时承担侦缉、抓捕和审问等职责。

东厂：

明成祖朱棣于永乐十八年（1420年）设立，目的是加强皇权，监视百官和大奸大恶之人，权力在后期逐渐凌驾于锦衣卫之上。

西厂：

明宪宗于成化十三年（1477年）设立，存在时间较短，但权力较大，主要负责打击异己和侦缉案件。

大内行厂：

明正德五年（1510年）设立，由刘瑾掌控，后因刘瑾被杀被撤销。

此外，还存在其他一些较小的特务机构或组织，如“六扇门”等，但它们的影响力和知名度相对较低。

综上所述，明朝至少有一个主要的特务机构（锦衣卫），以及东厂、西厂和大内行厂这三个较为知名的特务机构，因此，明朝的特务机构数量至少为 四个。