在动画电影《大鱼海棠》中，灾难的发生与椿和鲲的灵魂相连以及鲲作为异类存在有关。

灵魂相连：

椿和鲲两人的灵魂连在一起，这意味着他们之中任何一个人的死亡都会导致他们两人的死亡。因此，椿和鲲都不能单独回到人间，否则会导致灾难的发生。

鲲作为异类：

鲲是水底的异类，被族人视为不详之物。鲲的存在被认为是引来了异象，如洪水等灾难。

逆天而行：

椿养鲲的行为被认为是逆天而行，这违背了天道，因此引发了灾难。

湫的施法：

为了拯救椿和鲲，湫施法要送他们离开，但由于年龄小、能力不够，施法不到位，进一步加剧了异象的产生，导致了灾难的发生。

综上所述，灾难的原因主要是椿和鲲的灵魂相连以及鲲作为异类存在所引发的异象，而湫的施法不力也加剧了灾难的严重程度。