在《百年孤独》中，军人对阿尔卡蒂奥第二视而不见的原因与 时间断裂和 房间状态有关。具体来说，时间在那个屋子里断裂了，导致家里人看到的是梅尔吉亚德斯时代屋子干净整洁的状态，而军官和上校一样看见了屋子凌乱破败的真相。因为阿尔卡蒂奥第二是身处梅尔吉亚德斯时代的屋子，所以军官根本就看不见他。

此外，书中还提到，所有人都习惯了军人们对他视而不见，所有觉得他留在哪里也没什么不妥。这种习惯可能意味着军官和其他军人已经多次搜查过这个房间，但都没有发现阿尔卡蒂奥第二的存在。军官对便盆的兴趣也暗示了这一点，因为便盆的数量和状态与正常家庭不同，更像是长时间无人居住的结果。

综上所述，军人对阿尔卡蒂奥第二视而不见的原因是因为时间断裂导致的不同时间线的存在，以及他们习惯于忽略房间中的异常状态。