莎士比亚的作品被怀疑的原因主要有以下几点：

知识背景：

莎士比亚的作品涵盖了天文、地理、哲学、政治等多个领域，有人认为以他出身卑微、教育程度有限的身份，不可能拥有如此深厚的知识。相比之下，培根被认为是当时英国最博学的哲学家，因此有人怀疑莎士比亚的作品实际上出自他的手笔。

时代背景：

莎士比亚生活在伊丽莎白王朝时期，社会、宗教和政治方面都经历了极大的动荡，出版审查严格，上流社会和知识阶层普遍认为写戏、演戏有伤大雅。因此，有人推测，为当时环境所迫，真正的剧作者可能使用了莎士比亚的笔名。

“密码”争议：

在哲学家的遗嘱、莎士比亚的墓碑以及剧作台词中，竟然可以拼出“莎士比亚作品系培根著”的“密码”，这进一步引发了人们对他身份的质疑。

作品原创性：

莎士比亚的38部剧作中，只有2部没有明确的出处，其余的都是改编自其他人的作品。这种高度的创新性和原创性让人怀疑他是否真的热爱阅读或他的藏书被后人散佚了。

其他人选：

历史上曾有人提出其他可能的莎士比亚人选，包括贵族、女性或其他作家，如弗莱彻、玛丽·悉尼等，这些猜测主要基于对莎士比亚背景和个人经历的不信任。

尽管存在这些怀疑，莎士比亚的作品仍然被广泛认为是英语文学的经典，其创造性和原创性得到了极高的评价。现代技术和人工智能的比对结果也支持了莎士比亚在创作过程中可能参考了其他作家的作品，但他将这些元素巧妙地融入自己的创作中，使得这些质疑难以完全站得住脚。