《皮囊》的主题主要集中在 生命的终极问题、信仰、残疾和死亡等方面。作者蔡崇达通过讲述一个福建渔业小镇的风土人情和时代变迁，以及他与故乡、家人、好友之间的温情而又残酷的故事，探讨了这些主题。

书中，作者以超越困难、寻找与苦难和解、救赎心灵的方式来立意，整体基调虽忧伤但不颓废，文本中散发出一种明朗向上的精神力量。通过这些故事，作者表达了对生命终极问题的拷问，涉及信仰、残疾和死亡。

此外，书中还强调了肉体是拿来用的，不是拿来伺候的，这种观点体现了作者对人生的独特理解和对人性的深刻洞察。

综上所述，《皮囊》这本书通过其深刻的主题和细腻的笔触，探讨了生命的意义、信仰的力量以及人与自我、社会的关系，带给读者深刻的思考和启示。